商部衙门设在皇城内。凡事开头难，一个新设立的衙门，要想进入正常运转，可不是一件简单的事情。一连半个多月，林沐风和高巍和卓敬三人，都忙于种种“管理规章”的出台以及各级人员的配置等诸多事务性工作。有了朱允的强力支持，朝廷很快从各部、衙门中抽调了一批中低级官员和数十名杂役进入商部工作。
而随着朝廷开放海禁、鼓励从商、设立商部衙门诏书的公告天下，商部在大明各地的分部衙门也在紧锣密鼓地成立之中。林沐风认为，商部是一个管理通商事宜的衙门，或者说是一个机构，其不同于朝廷其他部署衙门，必须要在基层设立独立于地方衙门的专门衙门。当然，商部的分部衙门只在商业繁华的大城市设立，譬如徐州府，青州府，苏州府，扬州府，等等。
就此事，朝会又争议了好几天，在朱允的强力推动下才得到了通过----各地商部分部作为朝廷商部的派出衙门，直接归属于朝廷商部，而朝廷商部则直接听命于皇帝。各地商部分部衙门的官员，或者从当地衙门中抽调配置，或者由吏部委派……这是一项非常繁杂的工作，据林沐风估计，要想真正运转到位，大概需要几个月的时间。
京师的商部衙门很快便进入了正轨。但作为一个新生的官方衙门，如何去运作，如何去履行职能，管理商务。也是千头万绪，需要一一理清。
林沐风根据现代社会的“商管”理论，经过一番变通后，尽量结合大明社会的现实，制定出了一整套地商管思路。
其一，要先将所有城市中的店铺进行造册登记，发放由商部印发的“经营许可证”，类似于官方契约。以后，凡新开商铺必须要到所在商部衙门登记核准发证；其二。根据商铺的“营业额”和贸易总量以及商品门类分别收取赋税，制定出一系列的赋税额度，每月收取一次；其三，对商铺贸易和产品进行价格控制，严禁哄抬价格欺行霸市等行为，打击不正当竞争；其四，保护中小商铺，在税赋上予以减轻……
实话实说，大明商贾的社会地位虽然不高，但朝廷对商人的赋税还是相对较轻的。商部的成立。一来增加了商业贸易中间环节地赋税，二来对整个市场进行了宏观上的“调控”，三来鼓励和保护中小商铺的发展，只要进入良性循环，大明商业不难进入前所未有的繁盛阶段。
林沐风“兼职”太多，商部的日常事务其实是由高巍和卓敬两人具体来做，林沐风所做的就是定时与两人进行“沟通”，签发一些“文件”和“指令”。